У січні 1965 року в НДКТІ був заснований відділ, який протягом багатьох років був і залишається одним з провідних, відділ, роботи якого великою мірою є візитівкою інституту. Це відділ очищення стічних вод.
За роки існування у відділі були створені нові види обладнання і споруд, розроблені прогресивні технологічні прийоми, які впроваджені на багатьох каналізаційних очисних спорудах в Україні та за її межами.
До найбільш значущих можна віднести розробку конструкції відстійників вертикального і радіального типу, аероакселаторов, аероокіслювачів радіального типу, контактно-стабілізаційних аеротенків та аеротенків-освітлювачів, аеробних стабілізаторів, мулових майданчиків високої продуктивності, проціджувачів стічних вод і осадів, віджимних пристроїв і решіток, які завдяки своїй надійності і простоті в експлуатації до теперішнього часу експлуатуються на каналізаційних очисних станціях в Україні, Росії, Молдові та Білорусі.
Крім споруд та обладнання у відділі розроблені і впроваджені на різних спорудах технологічні процеси біологічного очищення стічних вод у завислому шарі і фізико-хімічного очищення стічних вод, а також прийоми комбінованого очищення, що особливо актуально в наш час, коли нові види забруднювачів вимагають сучасних підходів до методів їх вилучення.
Окремо виділимо розробки відділу в галузі обробки осадів. Через уявну дешевизну землі довгі роки осади стічних вод у нас в країні не тільки не утилізувалися, але й не оброблялися належним чином: основним методом було підсушування на мулових майданчиках.
Але незважаючи на такий підхід у відділі наполегливо розроблялися індустріальні прийоми обробки та утилізації осадів: механічне зневоднення, теплове кондиціонування, сушка, зброджування, спалювання, компостування осадів протягом багатьох років були не просто об’єктом наукового інтересу, а процесами, які хоч і з труднощами, але впроваджувалися на очисних спорудах Європейської частини СРСР. Для прикладу можна назвати Львів, Горлівку, Ригу, Бендери та інші об’єкти.
Правильність такого підходу підтвердив час. Сьогодні, коли питання обробки та утилізації осадів стічних вод перетворилося на національну проблему, інститут виявився готовий до вирішення цього складного завдання.
Відділ живе, відділ працює, відділ готовий і сьогодні простягнути руку допомоги підприємствам галузі.